残老村的司婆婆在江边黑暗中捡到婴儿，村长取名“秦牧”。十一年后，少年秦牧放牛途中，无意间帮助“镶龙城城主夫人”脱困，争斗之中，瘸爷爷出手击杀，尸体被后来者发现，辨其伤口，扬言除魔卫道。

司婆婆带着秦牧出村教他“锁魂定身”，不料遭遇漓江派的“漓江五老”，司婆婆一人拖住五老，奈何分身乏术，秦牧惨遭其门下弟子追杀，逃跑途中尽显训练成果，引诱对方来到“可怕的地方”。

秦牧逃亡途中撞见“魔猿”，周旋良久，漓江派弟子追来，当“魔猿”看到其身上鹿血，便将漓江派等人驱逐领地。秦牧以元气滋润身体，缓解伤势，元气大涨，破壁灵胎近在眼前。司婆婆拖延许久，最后秒杀漓江五老，瘸爷爷目睹全过程，两人互揭老底。黑暗将至，漓江派弟子再度追来，秦牧跟着异兽一路来到疑似“遗迹”的宫殿。

黑暗来临，秦牧躲进遗迹宫殿，漓江派五名弟子欲追其后，却死其二，众人与异兽在遗迹中和平相处，抵御黑暗；漓江派三名弟子欲取遗迹内异宝，再死其一；遗迹内惊现神魔交战情形，秦牧一人独面，琢磨出破开灵胎壁的法子，元气也有所精进；白昼已至，漓江二子欲再度对秦牧出手。

秦牧与漓江二子交手，对方的“一名女子”被师兄背叛，最终师兄不敌秦牧而战死，而他的“晴师妹”混入兽群并未殒命；秦牧对战曲师兄力竭，被晴师妹有机可乘，但残老村众人皆在此处观望，目的是为了锻炼秦牧，对方绝望之下被屠爷爷一刀斩死救下秦牧；通过这次的战斗，秦牧增进了霸体三丹功，并开始了元气淬体。

残老村九老发现了秦牧可以神魔共鸣的事，决定让他前往大墟历练；秦牧历练中无意来到一座庙宇，遇到了一个神秘女孩，没成想对方竟是妖，但她无法离开庙宇，被庙中铜像镇压，无法构成威胁；秦牧突发奇想，借助这尊铜像的禅音，结合自己神魔两音，三音破开灵胎壁，进入了灵胎神藏空间，在其中看到了神似自己小时候的灵胎。

秦牧成功觉醒霸体，面对妖怪仙清儿反宾为主，搜刮不少宝贝，甚至全身而退；回到残老村后，九老对秦牧的霸体觉醒震惊不已；经历过神女关遗迹一遭的秦牧回来后，近日常常遭受神魔侵扰导致噩梦连连，瞎爷爷便授予一种可以直视神魔的瞳法，当秦牧望向残老村石像，其中隐秘浮出水面；秦牧外出遭遇魔猿，与之对战，化敌为友。

瞎爷爷与牧儿相互救赎，九重天开眼法修至第一重，和魔猿对练并传授自己的本领；哑爷爷教秦牧用神霄天眼观火水，使其霸体二次觉醒，灵气拥有了水火双属性；魔猿带着秦牧去了自己躲避黑暗的遗迹，探得灾变前大墟的秘密，司婆婆在去镶龙城的路上发现了漓江派前来寻仇……

秦牧遗迹再遇妖魔，幸有魔猿相伴，与妖魔巧妙周旋，骗取两招半印法，逃过此劫；漓江派寻仇，九老应对虽绰绰有余，但也想借此机会考验牧儿修行成果，应对方江湖规矩，徒弟过招，此次秦牧将再次与漓江派交手……

秦牧1v1单挑千秋，使用天魔自在印一击将其毙命；漓江派提前埋伏了阵眼，以阵请漓江，施展漓江剑法，瞎爷爷以臻至神境的枪法击毙漓江派掌教，其余门中高手不敌最后被灭门；经此一役，九老希望此次秦牧前往奶奶庙赶集，能涨点见识。

残老村上奶奶庙摆擂台，聋爷爷采用激将法让更多人来打擂，为的就是秦牧能从中多学到些本事，谁知他人小胆大，竟一路赢到最后，轻轻松松守擂成功；大擂音宗参加打擂，勾起马爷伤心往事，与旧识对赌，战其徒明心，秦牧不负众望，用魔道功法催动禅宗威能，赢下赌约物品隙弃罗；残老村离开之际，遇见一路人寻接生婆，司婆婆出面应了此事。

秦牧一行人抵达张庄寨，成功破解婴儿夭折之谜，平安诞生；夜深时，背后之人突袭司婆婆，秦牧用隙弃罗帮婆婆去除杂念反击，但还是让他逃了，好在有瞎爷爷坐镇，一击秒杀；众人返程时，秦牧对昨晚天魔教之人口中所说之事产生了些许疑问，司婆婆便将自己与天魔教的渊源告知于秦牧。

残老村迎来第二波大部队客人，圣教三百六十堂拖家带口讨要说法；司婆婆让牧儿去取鸡蛋，却敌不过鸡婆龙，备受打击，为一雪前耻苦寻功法，在途中遇到狐灵儿，因羡慕御风功法，便向其讨教，狐灵儿带着牧儿来到了一处遗迹，名为龙宫。

秦牧深入龙宫发现竟有一男子被冰封印于龙骨之中，此人自称是延康国太子少保，秦牧上演好戏得剑技，并收获少保剑；司婆婆在遗迹外面等待秦牧，回程路上见到村外竟多了一个镇，来者天圣教祖师意图强硬带走司婆婆，一众残老出面阻止。

司婆婆向众人揭示自己曾为天圣教教主夫人及圣女并弑夫拿圣典的往事，为了给天圣教一个新任教主人选，牧儿要与三百六十堂堂主进行车轮战，同时村长也终于松口愿意指点牧儿剑法，仅凭一招刺剑式击败剑堂堂主。

秦牧一人单挑天圣教三百六十堂的堂主，最终以惊人的霸体打败了所有人。秦牧不枉司婆婆的嘱托，成功当上了天圣教的少教主。而天圣教这边众人也个个欣慰终于找到圣教的继任者。

秦牧在大墟的平静日子告一段落，延康国的到来给这里带来了危机，致使冰潮提前，为挽救事态，牧儿紧急求援仙清儿，大战怒佛铜手掌，谁料受制金钟不得出，幸好村长来相助，一剑将其解决！

仙清儿介绍了小擂音宗的由来，秦牧借仙清儿元气清除浮冰，枪神赶到解除洪水危机，随后四大残老各展神通吓退延康军，瘸爷爷更是偷得少保剑鞘送给秦牧；大墟异变，老鬼挣开棺材钉脱逃。

从前的天龙星宫，如今的镶龙城，教主夫人广邀英豪举办盛会。为阻止和谈，秦牧一行人来到了镶龙城，教主夫人现身，以圣典为饵，巧拨众人心思，天魔教失落四十年的魔典重现，令宴会局势变得波谲云诡。

秦牧在镶龙城宴会上与傅庭岳正面交锋，以 “杀了令郎换酒钱” 激怒对方后，一刀砍下头颅，而后施展腿法脱身。出府后，秦牧遭遇多方高手追杀，但被潜伏的各个天圣教堂主暗中化解危机。与此同时，司婆婆牵制傅城主，展现出强大实力，暂时摆脱了众人对《大育天魔经》的觊觎。

司婆婆以《大育天魔经》击杀镶龙城各方势力将领，后伪装城主和秦飞月谈判。与此同时，延康二十万神通者携巨兽压境，秦牧因守护大墟弃民的理念与灵毓秀决裂，昔日朦胧情愫终成立场对立，聋爷爷挥毫作画引动天象扰乱敌军。

镶龙城进入全体战备状态，九老圣教齐心御敌。聋爷爷首次出手，他曾是天图国太子，一人作画可挡百万雄狮，当年醉心书画未闻国灭，今再提笔百魔拦路，天策剑出延康势在必得……

延康大军遭遇十二巨人背负的神秘太阳船，延康无法抗衡这尊庞然大物，致使延康退兵五十年。太阳船中的神明注意到了秦牧身上的玉佩，村长默许，牧儿携带神秘玉佩登上太阳船，见到了太阳船的驾驭者太阳守。

太阳船的降临带来了有关牧儿身世的线索，承载了牧日者和牧儿各自的期许。七殿下灵毓秀邀请秦牧共闯事业，秦牧借家中九个长辈设下的九关考验为理由拒绝了七殿下，但也答应事了之后会去延康国寻她。

秦将军威胁不成讪讪离开，大墟保卫战告一段落。九老各显神通为牧儿全副武装，功力深厚的村长终于出山再次踏足暗界以护牧儿周全，在途中他们遇到了神魔古战场的奇异景象。

秦牧遇神秘女子陷入黑暗被府君所救，之后二人又遇到村长的旧友绫璟。暗界之路步步惊心，面对生者止步的告诫，牧儿村长毅然跟随玉佩微光踏入涌江源头遇到死者生界，此地模糊了生与死的界限，活人变成死人，而死人变成活人……

伪装成村民的魔，指引牧儿村长寻找“无忧乡”。九重天眼识破神秘女子的伪装，村长为掩护牧儿被困，八部天魔众也在此刻杀到，牧儿须在众多虎视眈眈的敌人围攻下，化解危机……

村长拖住魔神让牧儿先行逃离死者生界，秦牧在逃跑过程中先后遭遇天魔众追击，随后遇到一位神秘老丈抢夺玉佩，于是秦牧不得不与老丈展开激烈交战，最终凭借众多神通加持，战胜老丈。

村长与夜游神谈判，发现苟延残喘的“月亮守”，牧儿遭骨头人穷追不舍只为抢走玉佩，还好靠机灵顺利脱身，但也通过此行清晰自身不足，为了变强走出大墟历练，村长爷爷为他准备了成年九考。

刚从暗界惊险归来的牧儿还来不及喘息，九老严苛的考试接踵而至！这是成长的试炼，也是未来命运的转折点……

牧儿九考终落幕，婆婆的偏爱，村长的托举，残老村的屋檐下藏着最朴实的爱。当相拥告别化作远行的序章，全村的牵挂便是牧儿闯荡延康的底气！

秦牧背负身世之谜从大墟残老村出发，借助圣教助力突破延康国重重封锁，在延康变法动荡、国师遇刺的局势中随同织染署前往京城。

堤江县惊现尸仙教血腥屠城，秦牧以凡躯抗尸毒护之，面对七星境尸仙教神通者的截杀，牧儿危在旦夕……

面对尸仙教的穷追不舍，秦牧带着狐灵儿帅气反击，虽收割一位少掌教，但也遭到了红尸蟞的追袭，后得府尹虞渊初雨相助，牧儿获路引赶赴京城。

村中长辈因心系牧儿，相继离开村子。秦牧赴太学院途中化身士子结识卫墉，与其交流太学院课程，本想潜心学问，却遭遇驭龙门少门主龙娇男率蟒蛇截杀。

秦牧卫墉被驭龙门紧追不舍，幸得白虎军和七公子及时赶到，这才平安达京。路上也得知了宗派造反之因，牧儿猜测国师之事另有隐情。

牧儿受五音迭奏启发，一曲琵琶开启了五曜神藏；面对祖师留下的挑战，他竟不慌不忙地当起了花巷神医，还顺带检验了药理，夯实基础。

太学院大考开启，秦牧凭借自身实力顺利通过层层关卡，虽被考官视为邪性且遭遇名额黑幕，他却始终毫无惧色，进而顺势教训了凌云道人。

秦牧大考惊扰圣驾，自曝大墟弃民身份遭众臣针对，延丰帝力排众议收其为天子门生，宣言革宗派之命，震动朝野。

秦牧在祖师的考验下，探讨圣教未来，九龙鲫寓言背后，祖师暗藏深意。在听雨阁诊治期间，秦牧救治了一位被蛮狄国巫毒所伤的将士，并被邀请前往皇宫为太后诊治。秦牧深知此行凶险，但仍毅然前往。

太后中毒牵出宫闱秘事，牧儿靠军事化推算法诊治，震惊太医。国师获悉解毒后虽称大势已成无需再下毒，但其心腹小毒王却因师门恩怨盯上秦牧。同时，秦牧在含光殿剑学课上初露锋芒，被剑学监丞剑三生单独召见。

秦牧在士子居遭遇同门嫉妒与挑衅，凭借自身实力反击。初入天录楼，他见识到浩瀚的功法典籍，与狐灵儿一同探索。然而，当士子居三大高手历练归来，受大师兄一番煽动，为了争夺首席之位，其余二人将矛头指向了秦牧。

在接连挫败师兄师姐之后，秦牧将自身所学融会贯通。恰在此时，太学院突响备战警钟，道门丹阳子携道子林轩以问道之名强势堵门，立下三日战约。太学院数名士子含愤出手，却被道子林轩以六合境修为瞬息连败。

道子林轩展现惊人实力，接连击败多位士子，为挽回颜面，二皇子出战与林轩一较高下，却惨败于道门先天太玄功。为破局，国师亲自带伤授课，以独特视角重新定义剑法，传授太学士子三招新剑式，令众人叹服。

国师讲学授课，道门不满其与魔道为伍，认为太学院士子庸碌。秦牧被迫下山与林轩展开较量，信奉神谕的道子和心中无神的牧儿，成败立判！

道子惨败打道回府，太学院未及喘息，禅宗接踵而至。秦牧欲避战养伤，却被祖师催促迎敌。太学院连战连败之际，司芸香主动迎战禅子拂心。

秦牧为取得龙麒麟宝涎，冒险炼制失迷香麻翻霸山坐骑，却意外引发太学院大规模中毒事件。面对祖师的质问，他陷入了自证清白的窘境。

秦牧以弃民之身受封太学博士，霸山祭酒奉命对他进行单独教导，以探索培养天才的教学方法。在霸山督促秦牧练剑时，秦牧从其言语中认出师承。相认后，他们决心共赴塞外，夺回师父被诸神斩断的下半身。

霸山祭酒带领秦牧与七公主出塞历练，队伍途经庆门关，穿越凶险的鸭舌头山林时，恰逢草原部族内斗，霸山祭酒展现武可汗威名震慑草原部族。